宇宙世紀0079年10月。地球連邦軍所属の一隻の輸送艇が、地球に向かって移動していた。その船には地上部隊への配属となった連邦軍兵士が乗船しており、若手士官のシロー・アマダ少尉もその一人だった。窓の外に、地球の美しい姿が広がり始めたとき、輸送船の兵士達はモビルスーツ同士の戦闘を目撃する。被弾し、弾薬も尽きた友軍のジムに迫る、改良型のザク。顔も知らぬ仲間の危機的状況を見たシローは、輸送船に積まれていたボールで応援に向かう。そして、捨て身の戦法でジムを救い、ザクと同士討ちとなったボールから脱出したシローは、同じく機体を失ったジオンの女性パイロットと出会うのだった。彼女の名は、アイナ・サハリン。残骸となった艦船に取り付いた二人は、敵と味方という関係を越え、協力して共に生きて帰ることを誓う。この出会いが、彼らの運命を大きく変えるとも知らず、シローとアイナは、生き残るための「二人だけの戦争」を始めるのだった……。

　生還したシローは、ジムのパイロットであったテリー・サンダースJr.軍曹、輸送船で一緒だったミケル・ニノリッチ伍長と共に地球に降り立った。彼らが配属されたのは、東南アジア地区の最前線に展開するコジマ大隊所属の第08MS小隊だった。先任のカレン・ジョシュア曹長、エレドア伍長と合流したシローたちに、いきなり夜間戦闘への出撃命令が下る。「全員、生きて帰れ！」　出撃前に、隊員たちに訓辞を述べるシローに対し、様子見を決め込むカレン、シローの運に軍人としての再起をかけようとするサンダース。結束には至らない状況の中で、第08小隊の陸戦型ガンダムは戦場となる密林へと向かった。初戦闘での敵機撃破にこだわるシローは、カレンの制止を聞かずにザクを追撃し、隊からはぐれてしまう。隊長不在のまま撤退を余儀なくされる第08小隊。一方、地球の過酷な環境を肌で感じながら、敵機を追うシローは戦場で朝を迎える。そして、偶然辿り着いた清流で一人の少女と出会うのだった……。

　地上の環境にも慣れ、08小隊の面々との関係も良好になりつつあるシロー。そんな彼らの今回の任務は、ジオンのトーチカ基地への攻撃であった。斜面を利用した敵基地の防御は厚く、攻撃の決定打が欠けた状態に08小隊は撤退を余儀なくされる。改めて攻撃の策を練ったシローは、先の出撃で少女に出会った河川を経由するルートに目を止めた。シローが単独で河川を移動して敵基地後方に向かう間に、残った08小隊のメンバーが攻撃を引きつけ、挟撃を加えるのがその作戦を提示する。作戦開始は15時。メンバーの信頼を受け、一人川沿いを移動するシローは、少女と出会った清流に到達する。その時、シローの機体にその少女が飛び乗ってきた。彼女の名前はキキ。ゲリラを率いる父を持つ少女は、手下を使ってシローをガンダムから引きずり降ろす。作戦開始の時間が刻々と迫る中、シローはゲリラのアジトに連行され、キキの父親と面会する。作戦行動ちゅうであることを主張するシローの言葉は、聞き入れてもらえず時間だけが無為に過ぎていく。
「初めて持った部下なんだ。まだ多くを知らない仲間たちをオレは死なせたくない！」
　絶叫するシローの言葉に、キキは思わぬ助け船を出す。作戦開始時間となり、攻撃を始める08小隊。シローは仲間たちとの約束を守れるのだろうか……？

　08小隊の一員であるサンダースは、あるジンクスのために仲間からも揶揄されていた。そのジンクスとは彼が所属する部隊は、３度目の出撃でサンダースを残して全滅するというものだった。そのため、彼は“死神サンダース”と呼ばれていた。そして、悩むサンダースの思いをよそに、08小隊に３度目の出撃命令が下った。一方アイナは、兄であるギニアスが開発した連邦軍への反撃の要となる巨大モビルアーマー、アプサラスのテスト操縦を行っていた。しかし、テスト飛行中のアプサラスは飛行トラブルに見舞われ、進路変更を行えない状態にあった。最大の機密であるアプサラスを守るべく予想進路とは別の方向に気を向ける撹乱攻撃を行うジオンのドップ部隊。そんな不穏な動きを察知して出撃していた08小隊は、ジオン軍と遭遇してしまう。思わぬ敵との遭遇に08小隊のメンバーが“３度目のジンクス”に不安を覚える中、その不安を裏付けるかのように巨大モビルアーマーが姿を現す。驚異的な攻撃力を発揮するアプサラスを前に、窮地に陥る08小隊。“３度目のジンクス”の現実化が目前に迫る中、サンダースは自分のジンクスを変えるため、大切な仲間を守るために、捨て身の反撃を試みるのだった……。