アプサラスとの戦闘で大きな損害を受けた08小隊は、前線の補給基地へ移動していた。シローたちよりもひと足早く基地へと到着していたエレドアとミケルは、ニッカードから隊員宛の手紙を受け取る。その手紙は、ミュージシャンを目指していたエレドアへの、メジャーデビューを伝えるものだった。喜ぶエレドアは、シローたちが到着するまで待機するように言われた命令を破り、ミケルを連れて付近の村へと前祝いに出かけてしまう。しかし、その村の酒場には、ダメージを受けたアプサラスの応急修理のためにジオン軍が逗留していたのだった。そして、当然のごとくジオン兵に捉えられてしまったエレドアとミケル。ホテルの地下に監禁され、悲嘆に暮れる二人のもとに、女主人であるマリアが現れ食事を差し入れる。そして、彼女はジオン軍の隙を見て、自分に付き従う子供を村から逃がすのだった。その子供は、身分を隠したキキであり、彼女はエレドアとミケルが捕まっていることをシローたちに伝え、08小隊は二人を救出すべく活動を開始する。一方監禁されて嘆くエレドアとミケルは、内輪もめのはずみで、脱出のチャンスを見出した。時を同じくして、村に逗留するジオン軍に攻撃を開始するシローたち。そして、脱出すべくザクタンクを奪い、奮闘するエレドアとミケル。しかし、彼らの前には武装したジオン兵たちが立ち塞がるのだった……。

　08小隊の面々は、砂漠にある巨大なクレパスを目指して移動を行っていた。そこは、キキの協力によって発見されたジオン軍の射爆場であり、クレパスに穿たれた高熱によるビームの痕が残されており、その場所がアプサラスの運用試験のポイントであることを物語っていた。そして08小隊は、射爆場付近に陣を組み、アプサラスを撃墜するための待ち伏せ作戦に入るのだった。そんな中、ミケルは集中力を欠き、ミスを連発していた。その原因は、ミケルの恋人からの手紙にあった。彼女からの手紙には、別れを示唆する内容が書かれており、キキはその中身を読んだことで、ミケルの思いを聞かされる。そして、５日が過ぎても攻撃目標が現れない中、ミケルは手紙を出せない鬱憤をシローにぶつけるのだった。キキやミケルと衝突したシローは、思わぬ所で聞かされた人を恋する思いへの言葉から、アイナのことを思い出す。翌日、ついに08小隊の前にアプサラスが姿を現した。射撃担当を受け持ったミケルは、生きて帰りたいという強い思いで、敵機にビームを打ち込む。しかし、その攻撃に耐えたアプサラスはミケル機に機種を向ける。それを阻止しようとするシローのガンダム。巨体に取り付いたシローの機体は、そのまま彼方へと姿を消すのだった……。

　アプサラスIIに取り付いたシローの乗るガンダム。一瞬漏れ聞こえた敵機のパイロットの声がアイナのものだと確信したシローは、彼女に接触を試みる。山岳地帯の上空に停止したアプサラスIIの装甲の上をはい上がるシローの予想通り、コックピットハッチを開いて姿を現したのはアイナだった。宇宙で出会い、互いに惹かれ合った時と同じように、再び生還するべく力を合わせる二人。だが、再び安定を失ったアプサラスIIは、山岳部へと降下していく。斜面に落下するアプサラスIIを止めようとするガンダムだが、巨体を抑えきることができない。アイナは、シローだけでも脱出するように訴えるが、彼は一緒に生き残ることを訴える。ガンダムのリミッターを解除し、フルパワーを発揮させながら、シローはアイナへの想いを叫ぶのだった。 「アイナー！　好きだー！」

　そして機体は、奈落に落ちる直前に停止する。しかし次の瞬間、ガンダムの足もとの崖が崩れてしまう。落下の最中、なんとか脱出したシローだったが、猛吹雪に巻き込まれ意識を失ってしまった。サイド２での悲劇の悪夢から目覚めたシローの目の前には、アイナの姿があった。アイナに命を救われたシローは、自分の複雑な心境を語る。そしてたとえ、ジオンと連邦に別れていても、互いの思いが同じであることを二人は知るのだった。

　戦いの最中に訪れた、二人だけの時。しかし、互いの距離をより縮めた二人の前には、再び戦争という現実が立ちはだかるのだった……。

　雪山での遭難から救助されたシローを待っていたのは、スパイ容疑による軍上層部の査問会議だった。一方、アイナもギニアスからシローとの親密な様子を問いただされる。別の場所にいながら、シローとアイナは同じ思いを口にする。 「敵見方に分かれて戦っていても、いい人間はいる。それがこの愚劣な戦争での唯一の希望だ」

　一方、ヨーロッパで行われたオデッサ作戦は、連邦軍が勝利。ジオンの敗残兵たちの一部は東南アジア方面へと向かっていた。そんな最中、キキのいるゲリラの村にも小破したザク３機が現れた。このザクの小隊を率いるトップは、攻撃の意志のないことと食料提供をキキたちに伝えるのだった。そして、この状況を知ったシローは、村を救出すべく謹慎命令を破って出撃する。村では、小隊のひとりであるアスが、食事を与えようとしたキキに乱暴を働いたことがきっかけとなり、ゲリラとザクによる戦闘が始まってしまう。村を襲うザクの銃弾。犠牲者が出たことで怒り、パイロットを殺そうと猛るゲリラたち。

　被害を最小限に抑え、ジオン兵をも救おうと生身で立ち向かうシロー。しかし、暴徒と化したゲリラたちを制止することはできず、ザクのパイロットたちの命は奪われてしまう。結局、何もできなかったシローの前には、戦場における残酷な現実だけが残るのだった……。